基督教于清朝末年传入盐城市境内。清宣统二年（1910年），美籍牧师白秀生夫妇受美国南长老会的差遣，带领李锡登（徐州人）、刘桂荣（河南人）、韩文光（山东人）等人来到盐城、阜宁等地布道并建堂，兴办学校、医院、圣道书院等。民国元年至5年（1912－1916年），杨乐山、韩文光等到东台传教，建堂办学。20世纪20年代末，胡徒恩（英籍牧师）和刘明鉴等到大丰传教。同时，美籍牧师乔汉儒、史迪恩、索秋夫带领陆善夫、李以成（山东人）到阜宁益林、东沟等地建堂布道，后将布道区扩至东坎、黄圩、天场、双港、六套以及建湖境内。民国17年，上海真耶稣教会派孔道荃、戴占鳌、李学儒等到滨海八巨建堂布道，后扩大到八滩等地。至1949年，基督教已传布到盐城市境内各县，发展教徒7000余人。

　

基督教从传入开始，即由外国传教士所把持，建堂、办学、活动经费主要靠外国差会资助。传教士自立为派，各居一方，宗教活动各行其是。1950年，国内以吴耀宗为首的40人发起的以“自治、自养、自传”为主要内容的基督教三自爱国运动，割断了与外国差会的联系，自办宗教事业，外籍传教士纷纷回国，各地教务由当地执事、长老、传教士主持。20世纪50年代，境内基督教主要教派分布为：滨海县以张集、黄圩（后划给响水县）为中心的中华基督教，以八巨、康庄为中心的真耶稣教；阜宁县以板湖、芦蒲为中心的基督徒聚会处；射阳县以千秋、临海为中心的真耶稣教，以通洋、四明为中心的基督教聚会处；建湖县以县城为中心的中华基督教；盐城县以县城为中心的真耶稣教及中华基督教；东台县以县城为中心的中华基督教和浸礼会等。

中国共产党的宗教信仰自由政策，使基督教徒的宗教信仰得到尊重。中华人民共和国建国初期，在社会主义建设热潮感召下，盐城、建湖等县的一部分有文化的传教士转向教育战线当了人民教师，宗教集体活动基本处于停止状态。但在阜宁、滨海和射阳等县的一些地方，活动比较频繁。1956年，阜宁县有信徒1700多人，滨海县有信徒1万余人，自由聚会点遍布村社。与此同时，一些不法分子也混杂其中，他们以传教为名，搞医病赶鬼诈骗钱财，影响较坏。盐城专员公署曾组织联合调查组分别于1956年到阜宁县、1958年到滨海县调查宗教混乱情况，处理了宗教活动中的违法行为。由于受反右扩大化的影响，个别传教士被判入狱和被劳动管制，也有的被错划为右派。1958年以后，有一部分信徒退出基督教会。“文革”运动，冲击了基督教，宗教活动被迫停止，少数信徒隐蔽在自家做祈祷活动。1978年中共十一届三中全会以后，党的宗教信仰自由政策得到落实，各地逐步恢复基督教活动。1981年，江苏省基督教三自爱国运动委员会和基督教协会召开代表会议，盐城有3名信徒代表参加。随之基督教活动再度兴起，隐蔽的活动转向公开化，原来退出基督教会的人又回到教会，一些老弱病残者也纷纷参加聚会活动，一时信教人数迅猛发展，全市每年以1万人的幅度猛增，到1985年全市基督教信徒已达5万多人。

20世纪80年代初，各级党委和政府全面落实宗教政策，平反了宗教界50年代反右斗争扩大化和在60年代“文革”中所造成的冤假错案，清理退赔了宗教房产。从1983年开始，帮助滨海、响水、阜宁、射阳4县相继成立了基督教三自爱国会筹备组，并着手整顿基督教活动，落实定点（定聚会活动点）、定片（定各活动点所包括的范围）、定人（定各堂点的传道人）的“三定”工作。各县筹备组在党委和政府的领导与帮助下，经过两年多努力，在全市建立起简易活动点202处，并在各县城修建开放教堂7座，计有房产622间，1.6万平方米，基本满足了广大信徒聚会活动的需要。1986年1月，盐城市基督教召开了第一次代表会议，成立了盐城市基督教三自爱国会和基督教协会，简称盐城市“基督教两会”。各县也先后成立了三自爱国会组织。在各堂点建立了管理组织，制订了信徒守则、章程以及教务、堂务、财务等各项管理制度，培养了一批有一定宗教学识，又遵纪守法的传道人员，从而使基督教活动摆脱无组织、无纪律的混乱状况，使信徒真正过上礼拜有教堂（点）、讲经有牧师（传道士）、活动讲仪规的正常宗教生活，基督教真正成了基督徒自己的宗教事业。到了21世纪，盐城市的基督教有了更快发展，2009年全市基督教活动场所628处，其中教堂就有28座，基督教徒315193人。