伊斯兰教是随着回族穆斯林来盐城市境内定居而传入的。早在元末明初，即有一部分回民从陕西、河南逃避饥荒到境内响水、滨海后定居，经历代繁衍，人数逐年增加，形成相对集中的回民聚住村、组。太平天国时期，又有南京、镇江、扬州等地的一些回民为逃避战乱而移居东台、盐城县城及秦南镇等地定居。定居下来的回民，先后在响水县的张集乡、滨海滨海县东坎镇近郊、盐城和东台县城分别建起了回教堂或清真寺。后来响水县张集乡和滨海县的清真寺相继损毁，只剩下盐城、东台的清真寺。1999年东台旧城改造，原东台清真寺被拆迁，2002年在台城东亭南路重建了一座500平方米清真寺。

在盐城清真寺，建国前主持教务的阿訇有火珏年、哈风楼、火志林、底云等；建国后主持教务的阿訇有白汉章。1979年白汉章病故后，很长一段时间无阿訇主持教务。1983年，选滨海回族青年吴瑞金到江苏省淮安伊斯兰教协会举办的培训班学习1年，培养成哈里发，1984年派驻盐城清真寺主持教务，后吴瑞金因故辞去教职。1993年12月，聘请河南省方城县25岁回族青年、在郑州市穆光阿拉伯语学校毕业并任代课教师的王朝献担任盐城市清真寺阿訇。盐城清真寺为盐城市区伊斯兰教唯一活动场所。

1987年12月，召开了盐城市伊斯兰教第一次代表会议，盐城市第一届伊斯兰教协会在盐城成立，然后分别于1992年、1997年、2005年、2010年召开了盐城市伊斯兰教第二次、三次、四次、五次代表会议，相应成立了盐城市第二届、三届、四届、五届伊斯兰教协会。